精神分裂癥腦發育障礙假說是精神分裂癥發生的第1階段學說，集中了目前對兒童精神分裂癥研究的一致觀點。

　　腦發育障礙假說認為精神分裂癥的發生是由于在胎兒發育期因某種內在或外在因素使大腦皮質神經錐體細胞結構異常排列，構成了神經細胞結構異常，形成腦皮質脆弱性基礎。以后在發育成長過程中當某種外源性的心理社會因素襲擊時則顯示出腦皮質抵抗力不足的缺陷，使原本不規則的細胞排列結構出現了功能上的異常活動，從而使成長過程中所獲得的認知、社會機能發生紊亂，并由此形成惡性循環，反過來又強化了對外界刺激的脆弱性。

　　腦發育障礙假說是一種比較純粹的生物學改變學說，其理論依據源于兒童期腦發育過程中較少成人的心理社會應激影響，而且遺傳因素比重較大，特別是兒童精神分裂癥的圍產期風險頻率也顯著高于成人精神分裂癥。在與神經發育相關的分子遺傳學研究中也表明多基因異常起到了重要作用，臨床現象中也較多地反映了遺傳或圍產期風險因素對神經發育障礙的影響，如母體感染、物質影響、心理應激等。因此腦發育障礙假說實際上體現了目前對兒童精神分裂癥的臨床和生物學研究特征。